R
RStudio
!!!R Markdown
{{outline}}
----
!!基本
*メニューのファイルの下、左端の＋マークから、R Markdownを選ぶ
*メニューのFileからNew File で選ぶ
**Text File を選んでおいて、ファイル保存時に、拡張子 .rmd を付けて保存する。

!MarkdownのHelp
*メニューのHelpから Markdown Quick Reference を選ぶ

!見出し
{{pre
# Header 1

## Header 2

### Header 3

#### Header 4
}}



!改行は、空行を一行入れる。
* 強制改行は、行末にスペース二つ
* 見た目二行でも、空行が入ってないと、結果、つながって表記される。

!書体
{{pre
*italic*   **bold**

_italic_   __bold__

^上付き文字^

~下付き文字~

~~打消し~~

<U>下線</U>
}}

!文字の色
*HTMLで指定する
 <font color = "red">このデータを使用</font>
!特殊文字
* RMarkdownの中で使われる特殊文字のエスケープはバックスラッシュ一つ
 \*
 \#
!箇条書き
* 行頭に * か数字.
* 数字は何が書いてあっても、自動的に1からふってくれる
** 全部 1. にしておいた方が無難（見た目と結果がずれてしまう）

{{pre
* 項目
* 項目

1. 番号付き
2. 番号付き
3. 番号付き
}}
*階層は、<<前に四つスペース>>
{{pre
* 項目
    * 下位項目
    * 下位項目

}}
!横線（トラブルのもとなので使わないほうが良い）
 ---
!そのまま
 ```
 そのままの文
 そのままの文
 ```
!数式
{{pre
$$

y = a * x^b

freq = 7592 * rank^{-0.6}

$$
}}




!引用
 > 引用文
 > 引用文

!表
*縦棒で区切る
*一番上が見出し
*二行目が配置の設定（コロンの位置）
**コロンが左　左寄せ
**コロンが右　右寄せ
**コロンが左右　中央（|:---:|）
{{pre
|指標|説明|
|:----|:---|
| i| ファイル名|
| Score| Criterionスコア|
| Tokens| 総語数|
| Types| 異なり語数|
| NoS| 文数|
| TTR| 語彙多様性|
| GI| 語彙多様性|
| MATTR| 語彙多様性|
| AWL| 平均単語長（文字数）|
| ASL| 平均文長（単語数）|
}}
!!ヘッダー部分の設定
*https://qiita.com/kazutan/items/726e03dfcef1615ae999
*https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html

!タイトル
 title:
 subtitle:
 abstract:

!テーマ

 theme:

** theme一覧
https://bootswatch.com/3/

!TOC 目次オプション toc: true
* toc_depth: 数字 で深さ設定
* toc_float: true で固定ではなくて浮くように
* number_sections: true で番号付きに

! 日付と時間
 date: 

* 自動で入れる
 date: "`r Sys.time()`"
** ただし、これでは、明示的に、いつかいた文書かがわからなくなる。
** Knitした時点での日付と時間になる

!使用例
{{pre
title: "タイトルを書く"
subtitle: "副題"
abstract: "概要を簡単にまとめて書いておく"
author: "sugiura"
date: "2023-02-09"
output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float: true
    theme: cerulean
    number_sections: true
---
}}
!!chunkコード

!文書全体にわたるオプションのデフォルトの設定は、最初に
 knitr::opts_chunk$set()
で、設定しておく。
*RMarkdownのファイルを作るとデフォルトで
 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
となっている。
** なので、最初に表示されるサンプルの最初の部分を修正して使えばよい。
** echo=TRUEは、デフォルトで、そうなので、逆に言えば、削除しても事実上問題ない。

* 便利な例：グラフの幅を統一して設定したい場合、
 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.width=10, fig.height=7)
** デフォルトでは、widthは7、heightは5
!Rのコード
{{pre
```{r}
ここに書く
ここに書く
ここに書く
```
}}
!コードのオプション
*```{r sample} のように名前を付けておくこともできる

*```{r, include=FALSE} コードは実行されるが、コードも結果も表示されない

*```{r, echo=FALSE} コードを表示せず、実行結果だけ出力

*```{r, eval=F}　コードは表示されるが実行されない

*```{r, results='hide'}　コードは実行されるがKnitのレポートには表示されない
!警告を出さない
 warning=F

!メッセージを出さない
 message=F
!プロットの結果出力のオプション

*fig.height = 7

*fig.width = 7

*fig.align = "left"

*fig.cap = "キャプション"

*dpi = 72
!インラインコード
**文中に `r コードを描く` としておけば、コードの実行結果がそこに出力される。

!!その他
!画像の挿入
*Rmdソースコードと同じフォルダーに入れておくのが簡単
 ![表示される文字](画像ファイル名)
 ![NICER1.3](NICER1_3info.png)
* 画像のサイズの調整 {width=80%}
!コメント
{{pre
<!--
コメント部分
-->
}}

* 命令を書く部分（code chunk）では、該当行を選んでおいて、Ctrl+Shift+C

!データフレームの見やすい表示 kable()
* コードチャンク内で、データフレームを指定する
 kable(データフレーム)
* もしくは、ヘッダー部分で以下のように記述すれば全体がそうなる
{{pre
output:
    html_document:
        df_print: "kable"
}}
* "paged" という形式もある
!!書き終わったら、上の Knit をクリックすると、レポートが作成される。
*HTMLでの書き出しでのオプション
**toc: true で目次作成
**toc_float: true で左に目次表示
**number_sections: true で見出しに通し番号付与
{{pre
output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float: true
    number_sections: true
}}

{{pre
author: "sugiura"
date: "2022/11/11"
output:
  html_document:
    toc: yes
    number_section: yes
  word_document:
    toc: yes
  pdf_document:
    toc: yes
}}

*html_document<<:>> のところ、コロン忘れずに
!グラフのサイズの調整：fig.width=インチ, fig.height=インチ
 ```{r, fig.width=15, fig.height=10}
* これで縦横比を調整すればよい
 ```{r, fig.width = 10, fig.height = 4}
!knitディレクトリーに注意
*RMarkdownで記述しながら、Chunkを実行していく際に、スクリプトやコンソールで設定している作業ディレクトリーとは別に、Knit Directory で設定するディレクトリーが別にあるので注意。
**Document Directory
**Project Directory
**<<Current Working Directory>>
*スクリプト内で setwd()で作業ディレクトリーを変更しても、チャンク内の一連の処理が終わったら、また、元のディレクトリーに戻ってしまう。
*Knit Directoryが変更されない限り、ドキュメント内での作業ディレクトリーは、チャンク内のsetwd()でセットしたディレクトリーではなくKnit Directoryで設定されているディレクトリーのままになっている。Knitのメニューから手動で変更する必要がある。


!!BibTeX 文献の引用と文献リストの作成
* なんと、LaTeXのように使える。
!準備
*参考文献をBibTeX形式のテキストファイル（例 LCR.bib）で用意し、RStudioで読み込んでおく。
** 文字コードはUTF-8にしておく。SHIFT-JISだとエラー。
{{pre
@article{lijffijt2012correction,
  title={Correction to Stefan Th. Gries’“Dispersions and adjusted frequencies in corpora”, International Journal of Corpus Linguistics},
  author={Lijffijt, Jefrey and Gries, Stefan Th},
  journal={International Journal of Corpus Linguistics},
  volume={17},
  number={1},
  pages={147--149},
  year={2012},
  publisher={John Benjamins}
}

@article{gries2008dispersions,
  title={Dispersions and adjusted frequencies in corpora},
  author={Gries, Stefan Th},
  journal={International journal of corpus linguistics},
  volume={13},
  number={4},
  pages={403--437},
  year={2008},
  publisher={John Benjamins}
}

@incollection{gries2010dispersions,
  title={Dispersions and adjusted frequencies in corpora: further explorations},
  author={Gries, Stefan Th},
  booktitle={Corpus-linguistic applications},
  pages={197--212},
  year={2010},
  publisher={Brill}
}

}}

*Rmarkdownのヘッダー部分で、bibliography: LCR.bib のように、使用するファイルを指定する。
{{pre
output:
  html_document:
    toc: yes
    number_section: yes
  word_document:
    toc: yes
  pdf_document:
    toc: yes
bibliography: LCR.bib
}}


!執筆
*RMarkdown文書中で、引用個所をLaTeXのように、記述する。
** @の後ろに各文献の引用コードを書く。
{{pre
@lijffijt2012correction は、@gries2008dispersions の訂正記事です。

@gries2010dispersions にもまとめが書いてあります。
}}
!出力
* ただ普通に、Knitするだけ。
* 本文中に著者名と年号が挿入され、
----
{{ref_image bibhonbun.png}}
----
*文書の最後に、参考文献一覧が整形されて付け足される。
*文書の最後に「 # References」と書いておけば、その下に、文献一覧が並ぶ。
----
{{ref_image bibreferences.png}}
----
!!論文の原稿を作る際のコツ

* セクションの見出しは　# 
* サブセクションは、## 
* コードチャンクに、それが何をするものか説明を書いておく
 ```{r エクセルファイルからデータ読み込み}
*数式はTeX形式で表記可能
*図の出力は、plot()でなく、チャンクオプションで、デバイスで画像出力
 ```{r, dev="png"}
** 二種類ほしかったら
 ```{r, dev=c("png", "jpg")}
https://www.njtierney.com/post/2018/02/28/three-r-tips/
**最初から、全部
 knitr::set_opts(dev = "jpg")

 
!Writing Reproducible Research Papers with R Markdown <<すばらしい>>
https://resulumit.com/teaching/rmd_workshop.html

!!スライド作成
!R Markdownでスライドを作成（ioslides）
https://qiita.com/masato-terai/items/664c5ee782f690260eca
by @masato-terai(テライ マサト)


!!テンプレート
!よく使うパタン（以下をRmdファイルにコピペ）
{{pre
---
title: "ReadingSpeed"
author: "sugiura"
date: "2025-07-29"
output:
  html_document:
    toc: yes
    number_section: yes
  word_document:
    toc: yes
---
# 準備

## 使用するライブラリ

```{r, warning=F, message=F}
library(tidyverse)
library(lme4)
library(lmerTest)
library(effects)
library(ggplot2)
library(jtools)                  # APAフォーマットのテーマ theme_apa()
library(openxlsx)
```

## Dataの所在

* PC内でエクセルでまとめたファイルがどこにあるか、パスをコピーして記録しておく

* 例
    * "C:\Users\sugiura\ed\2025\ReadingSpeed\ReadingSpeed.xlsx"

# データ読み込み

```{r}
sample.dat <- read.xlsx("ReadingSpeed.xlsx", sheet="data")

str(sample.dat)
```

## 型の設定

```{r}
sample.dat$ID <- as.factor(sample.dat$ID)
sample.dat$Item <- as.factor(sample.dat$Item)
sample.dat$Time <- factor(sample.dat$Time, levels=c("Pre", "Post"))

str(sample.dat)

```
# 分布の確認

```{r}
g <- ggplot(sample.dat)
g <- g + aes(x=Time, y=Score, fill=Item)
#g <- g + geom_point()
g <- g + geom_boxplot()
#g <- g + geom_smooth()
#g <- g + geom_line()
#g <- g + geom_density(alpha=.7)
g <- g + facet_wrap(~Item, scales="free")
plot(g)
```

# 分析 GLMM

```{r}
#sample.model <- glmer(Score ~ Time * Item + (1|ID), family=gaussian, data=sample.dat)
sample.model <- glm(Score ~ Time * Item , family=gaussian, data=sample.dat)
summary(sample.model)
```

```{r}
plot(allEffects(sample.model), multiline=T, confint = list(style = "auto"))
```

}}


!!References
*https://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown/0002
*https://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown/0003
https://epirhandbook.com/jp/rmarkdown.html
*https://mom-neuroscience.com/r-rmarkdown/
*https://blog.atusy.net/2021/01/21/rmd-bs4/
**スタイルの変更
*宋財&#27883; (Jaehyun Song)・矢内勇生 (Yuki Yanai)「私たちのR: ベストプラクティスの探究」https://www.jaysong.net/RBook/
*R Markdown: The Definitive Guide
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
* R Markdown from RStudio
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
https://kazutan.github.io/kazutanR/Rmd_intro.html#r_markdown%E3%81%AE%E6%9B%B8%E3%81%8D%E6%96%B9
https://www.docswell.com/s/3818391906/521P6K-2022-04-16-132212#p1
https://youtu.be/dbljY7jxrSA