R
!!!emmeans
https://cran.r-project.org/web/packages/emmeans/vignettes/comparisons.html

!Quick start guide
https://cran.r-project.org/web/packages/emmeans/vignettes/AQuickStart.html

* モデルに含まれる値の全体の平均 means
* モデルに含まれる特定の条件に限った平均 marginal means

!使い方：その前提は、model（glmの結果など）ができていること。
{{pre
emm.result <- emmeans(モデル) で平均値を取得して

contrasts(emm.result, ...) で比較するか
pairs(emm.result) ペアにして比較
}}

!要因が一つの場合
{{pre
emm.result <- emmeans(モデル, "要因名")
もしくは
emm.result <- emmeans(モデル, ~ 要因名) と表記（~つけて、引用符なし）
}}
これで、emm.resultの中に平均値が入る

* ペアにして比較する場合
{{pre
contrast(emm.result, "pairwise")
もしくは
pairs(emm.result)
}}

!要因が二つの場合（交互作用なし）
* 要因を一つずつ扱う
{{pre
emm.result.1 <- emmeans(モデル, ~ 要因１)
pairs(emm.result.1)

emm.result.2 <- emmeans(モデル, ~ 要因２)
pairs(emm.result.2)
}}

!交互作用のある二要因
{{pre
emm.result <- emmeans(モデル, ~ 要因１ * 要因２)
}}

* 多重比較
{{pre
pairs(emm.result, simple = "要因１") で、もう一つの要因２あたりの単純主効果
pairs(emm.result, simple = "要因２") で、もう一つの要因１あたりの単純主効果
}}
* p値の補正は、Tukeyで行われる。

! ref_grid()



!多重比較

*GLMでモデルを作って、そのモデルにおける要因の水準間の多重比較を行う。

*例：１，２，３の学年間で、IPSynのスコアに差があるか？

!モデル
 ipsyn.model0 <- glm(ipsyn ~ year, data, family=gaussian)


!平均と信頼区間

{{pre

hikaku0 <- emmeans(ipsyn.model0, specs="year")

 year emmean    SE  df lower.CL upper.CL
 1      54.8 1.022 131     52.7     56.8
 2      64.3 0.958 131     62.5     66.2
 3      69.5 1.034 131     67.4     71.5
}}

!多重比較検定

* 補正の方法
 adjust="bonferroni"
 adjust="holm"


{{pre
pairs(hikaku0, adjust="bonferroni")

 contrast estimate   SE  df t.ratio p.value
 1 - 2       -9.58 1.40 131  -6.840  <.0001
 1 - 3      -14.68 1.45 131 -10.099  <.0001
 2 - 3       -5.11 1.41 131  -3.622  0.0012
}}

!プロット
{{pre
plot(hikaku0, comparison=T)
}}
{{ref_image hikaku0.png}}

* 別のプロット
{{pre
plot(allEffects(ipsyn.model0))
}}
{{ref_image ipsyn-year.png}}